El lloc de Botaya, apareix citat per primera vegada en un document del monestir de Santa Cruz de la Serós de l'any 1149, tot i que des de sempre va estar sota el domini de San Juan de la Peña, com a mínim fins l'any 1610, data del darrer document conservat que ens parla d'aquesta vinculació.

Situada a les afores de  la població i actualment, fent la funció de capella del cementiri, trobem l'església de sant Miquel. Es va edificar en el segle XII i gairebé no ha patit transformacions al llarg dels segles. Es manté en peu en part gràcies a l'empenta i esforç del capellà de Botaya, mossèn Benito que personalment ha netejat i consolidat el temple.

Té una sola nau, capçada a l'est per un absis semicircular, precedit  d'un ampli presbiteri.

L'absis s'alça sobre un alt podi decorat amb besants, el mateix motiu que trobem en la motllura que envolta la finestra, que s'obre en la part central.

Una finestra, situada en el mur sud i d'arc monolític il·lumina el presbiteri i una altra la nau.

L'absis es cobreix amb volta de quart d'esfera, mentre que el presbiteri té volta de canó. La unió entre aquestes voltes i murs laterals està resseguida per una senzilla imposta.

L'absis, com succeeix en molts altres temples, és més estret que la nau, però en aquest cas també ho és respecte al presbiteri. Aquest espai existent entre l'absis i el presbiteri es va decorar amb una petita imposta.

Malauradament la vegetació no ens va permetre acostar-nos-hi més, ni fotografiar els motius vegetals amb que està esculpit el fragment del costat sud.

La porta d'accés es troba en el mur sud.

Està formada per un arc de mig punt,  que envolta a un bell timpà esculpit. En ell es representa a Crist en Majestat dins la mandorla, envoltat per dos àngels amb les ales desplegades.

Sobre la porta, un Crismó, molt erosionat i girat.

En tot el mur sud podem veure diverses mènsules, que de ben segur servien de suport a algun porxo o galeria claustral.

El mur oest sorprèn per la seva decoració o estructura. En la part superior podem veure una motllura, sota la qual els carreus estan disposats de tal manera que es deixa un espai buit entre ells. Una estructura similar la trobem en el temple de San Bartolomé de Muro de Roda. En tots dos casos es desconeix si es tracta d'un motiu decoratiu o bé una solució per alleugerir el pes del mur.

Una inquietant esquerda s'obre en el costat esquerre.